（1） 植物区系成分复杂，特有种多
　　由于受山岭南北走向和北高南低地特殊地理环境的影响，亚丁自然保护区内汇集了温带植物区系，亚热带植物区系、中国-----日本植物区系和喜马拉雅植物区系。这种南北区系的交流与分布，造就了比青藏高原内部和云贵高原腹地更为复杂的植物种属。从现有的资料分析，保护区约有维管束植物121科，430属，1118种；其蕨类植物20科，34属，103种；种子植物101科，396属，1015种。其中特有种属：长苞冷、急尖长苞冷杉、川滇冷苞、黄果冷杉、丽江杉、油麦吊杉、大国红杉、干香柏、滇油杉、旱冬瓜、 柴、序鹅掌、扁核木、鞭打绣球、丛菔、滇黄苓、丝瓣芹、豹子花等；属国家二、三级保护重点保护植物有玉龙 、 、
长苞冷杉、丽江铁杉、桃儿七、八角莲、四川牡丹、金铁锁等8种。

（2） 植物类型复杂
　　亚丁自然保护区的河谷基面最低海拔达2200米以上，已超出了常绿叶阔叶林的垂直分布范围。但因河谷地带降水量不高，气候偏高偏暖，河谷内仍广泛发育了干暖生境内的小叶、多刺的河谷灌丛，并占据着海拔3000米（阳坡可达3200米）内地带。主要优势种为白刺花、小角柱花、小叶帚花、黄花莸、以及金合欢、清香木、小业黄荆、香菜茶等。该垂直带内部分沟谷、谷坡凹槽地段常有稀疏的云南松林。
　　亚高山针叶林带是保护区面积最广，垂直幅度最大，植被类型最丰富的垂直带。其垂直分布范围在海拔3000——4500米。亚高山针叶林带的代表类型是由高山松、川西林杉、丽江云杉、大果红杉等组成的多种林、纯木林和混交林。海拔3800米以上的部分阳坡分布有大果园柏、方职园柏塔 组成的蔬林；海拔3400米以上的石灰岩地段有若干香柏古树残留。此外，垂直带内还分布有川滇高山栎、黄背高山栎等高山栎内林、中山杨，糙皮桦、花楸、槭等组成的落叶阔叶林和以杜鹃为主的常绿阔叶灌丛、以二色锦鸡儿、枸子、峨眉蔷薇等为主的落叶阔叶灌丛。 海拔4500-----5000m为高山灌丛草甸带。阴坡、半阴坡及缓坡地段，多种小叶型杜鹃组成了类型复杂的高山常绿阔叶灌丛，是带内分布面积最广的种属。半阴坡及沟谷地段为三棵针、窄叶鲜卑花、绣线菊、多种柳组成的常绿阔叶灌丛和香柏组成的高山针叶灌丛。高山草甸不甚发育，以四川篙草、珠牙蓼、香青等为优势种，主要见于局部地势平缓的阳坡，排水不良地段有灯心草，华扁穗草等喜湿种类分布。
　　高山流石滩稀疏植被相对较简单，分布海拔为4500---5200m，与现代雪线相接。主要以多种风毛菊、雪莲花、红景天等组成。