区内河流有田湾河、磨西河、折多河和湾东沟。
　　田湾河是本区最大的河流，流域面积1394平方公里，多年平均流量58.7立方米／秒。它发源于贡嘎山西坡，主源莫溪沟，另一源头五圣庙沟，两源汇合后，流经贡嘎山南麓，在界牌石以下称为田湾河，并于石棉县城上游约45公里处汇入大渡河。其间有莫溪沟冰川、贡巴冰川、巴王沟冰川、子干沟冰川等的冰雪消融水注入。
　　磨西河流域面积923平方公里，多年平均流量41.0立方米／秒。它位于贡嘎山东坡，干流大致向东南流经新兴、磨西，于得妥上游约3公里处注入大渡河。该河的两条主要支流燕子沟、海螺沟，分别源于燕子沟冰川、海螺沟冰川。
　　折多河流域面积669平方公里，多年平均流量19.7立方米／秒。它是大渡河的二级支流，源于贡嘎山的西北坡，流经康定县城与雅拉河汇合后，在瓦斯注入大渡河。
　　湾东沟流域面积仅165平方公里，多年平均流量8.4立方米／秒。它源于贡嘎山主峰的大沟冰川，向东直接流入大渡河。
　　这些河流的共同特点是：1．属雨水、冰雪消融和地下水混和补给型河流，年径流变化不大。2．河床狭窄、比降大、水流急、水位变幅大、侵蚀作用强烈，河床纵断呈阶梯状，河床中常有急滩和瀑布，水能异常丰富。
　　据初步调查，区内有各类高山湖泊（冰蚀湖、冰碛湖和堰塞湖）38个。其中，最大的人中尾海约一平方公里，小的仅几十平方米。它们的共同特点是：面积较小，海拔较高，处于降水丰沛、气温低、蒸发小的地带，因而矿化度较低。由于面积和容积较小，所以调蓄作用不大，对径流情势影响甚微。
　　贡嘎山地区冰雪区面积近360平方公里，占总面积的9.4％，储水量估计在180亿立方米以上。冰雪的积累和消融随气候变迁、季节变化而交替出现，这对本区的径流影响较大。
气候
　　按地理纬度和所处海陆位置而论，贡嘎山地区处于亚热带范围。属于亚热带季风气候。但是，由于青藏高原的隆重起，高耸于对流层中的巨大山岭对流的阻挡，使大气产生绕流、爬越、热力等作用，从而使大气环流受到影响，并改变了环流形势，形成了一个独特的气候类型。因此，有人将贡嘎山地区划为青藏高原或川西高原气候。属于大陆性季风高原型气候。
　　贡嘎山地区的大气降水，受控于西南季风、东南季风和西风南支气流。因此，本区年度中又形成干季和湿季分明的气候特点。每年11月至第二年4月为干季。此时，因受青藏高原冷高压和西风南支急流影响，低层大气配合着来自阿拉伯、巴基斯坦、印度北部热带大陆气团，因此，气候冷、燥，天气晴朗而日照强烈，日温差大；然而每年5－10月，西风带向北部大陆转移，西南季风与东南季风的到来，和因受高原加热作用而产生的强大的青藏暖高压之控制，出现雨水增多、气候湿热，局部地区多雷雨、冰雹、大风的湿季气候。同时，耸入云天的高峰与岭谷的巨大高差，以及南北走向的山势、不同的坡向等地形因素，也对气候的变化，有着较大的影响。因而，使贡嘎山地区又形成多种小气候，并导致水热分配的极大差异。
　　要对气候进行深入地研究，必须有丰富的气象台站资料。由于贡嘎山地区气象台站稀少（高海拔区无气象台站），资料短缺，所以，我们仅以成都生物研究所在东坡建立的四个梯度气象观测点，1983年1－6月的连续观测资料和成都地理研究所在东、西两坡气象观测点的短期实测资料，作如下综合的简要分析。
1．坡向对气候的影响
　　贡嘎山地区，由于坡向的不同，气候有明显的差异。
　　东坡，指贡嘎山主脊线东侧，也包括东南部。即大渡河与磨西河、田湾河流经区域。本区主要受东南季风和来自四川盆地的暖湿气流的影响，具亚热带季风气候色彩。总的特点是：温度的年较差大、日较差小，雨量充沛，湿度较大，云雾多、日照少，风小，全年多南风和东南风；西坡，包括西南坡。主要受西南季风的影响，所处地理位置属于暖温带和温带季风气候。温度年较差小、日较差大，雨较东坡少，湿度较小而干燥，天气晴朗，云雾少，日照充足等。
（1）贡嘎山地区总的年度平均温度，仍表现为东高、西低和北低南高的水平规律。但是，如果东坡、西坡海拔上升到相同高度时，则东坡的年均温即明显地低于西坡、西南和西北坡。例如，根据中国科学院成都地理研究所段长麟等计算行出，东坡磨西河谷海拔3461米处，年均温为1° C左右，而西北部海拔3461米处的新都桥气象站，多年实测年均温为5.1° C；在东坡海拔2987米高度，年均温为4.0° C左右，而位于西南坡海拔2987米处的九龙气象站多年实测的年均温为8.8° C。
（2）从年度³ 10° C的活动积温与平均气温稳定通过10° C的初、终间日差表明，东及东南坡的大渡河河谷，具有热量较高而温暖的气候特点。但是，当东、西两坡海拔高度相同时，东坡³ 10° C的积温则明显地低于西坡、西南和西北各坡向。日平均气温稳定通过10° C的积温和初、终相间日数，是农业生产中重要的热量指标。因为在一般情况下，以10° C为喜温作物生长和停止生长的温度，³ 10° C的累积温度高，初、终间日长，适于作物生长的季节长，对作物生长、发育有利。
（3）东坡的日照时数短于西坡；日照百分率也低于西坡。西南坡的九龙，全年日照为1920.5小时，日照率为43％；而东坡的泸定，全年日照时数为1190.7小时，年日照率仅27％。由于西坡日照长，太阳辐射强，光能资源丰富，作物的光合效率高。加之西坡昼夜温差大，有利于作物体内有机物的积累。因此，西坡种植的一些长日照作物的产量较高。例如小麦的千粒重可达50克左右，比四川盆地内约高8－10克。而且西坡农业生产耕作线可达海拔3700米左右；东坡则在2400米以下。由此，显示了贡嘎山西坡还有着较大的生产潜力。
（4）坡向对降水有明显的影响。降水的总趋势虽然符合自东南向西北逐渐递减的经向规律性，但本区降水以东南坡的田湾河一带最多，东坡次之，西坡、西南坡、北坡较少。但是整个贡嘎山地区属于湿润和半湿润区域。东及东南部的大渡河谷，由于地形和焚风增温作用，降水量较相同坡向谷坡显著减少。在干、湿两季降水量的分配上，西及西南坡比东南坡差异较明显。湿季降水量以西坡、西南坡更集中。干、湿两季降水的高峰值，在东坡及东南坡，主要集中在7－8月，以单峰型为主；在西坡、西南坡和北坡，以双峰型为主。每年6月为第一高峰期，9月为第二高峰期。
上述差异的产生，除了和东、西坡所受不同季风影响与不同宏观地貌形态外，尚和自身海拔高度与高原的热力作用，也有十分密切的关系。
东坡以高山峡谷地貌为主。河谷幽深狭窄，并盛行山谷风。这种谷风，从东南方向带来大量水汽，所以，东坡湿度大，且水分散失较慢而多云雾。特别是森林线以内，更是常年云雾缭绕，冷湿感特强。因此，雪线、森林线较西坡为低。西坡以高原宽谷地貌为主。河谷宽敞，自身海拔高，一般高度多在3000米以上。由于海拔高，空气稀薄，太阳辐射强，加之大气中杂质少，天气晴朗，日光透射性好，大气对于太阳辐射的吸收和反射返回天空的部分少。因此，高原地面的太阳辐射强烈，地面增温快，使西坡高原成为一个“热原”。在夏季，高原上众多的山峰，以象一个个“热岛”，而增强对流活动。由于地面吸收大量太阳辐射，增高了地面和低层气流的温度，因此产生了上述坡向差异。在气候上，形成东坡、西坡两重天的自然景观。
2．地形对气候的影响
东西两坡宏观地貌的不同，也反映在气候的差异上。
　　由于岭谷高差悬殊巨大，气温随海拔的升高而递减。因此，贡嘎山地区形成了明显的“立体”气候。所以，人们常用“一山有四季，十里不同天”和“山高一丈，大不一样”来形容这里气候的垂直变化。这种变化，常常是：河谷里赤日炎炎，谷坡上繁花一片，山顶上白雪皑皑的奇特景观。从低到高，构成了一幅从热到寒的、完整的生物气候带的垂直带谱。但是东、西两坡，由于所处海拔高度不同，又有差异。
东坡大渡河河谷为基带，海拔高度约1000－2000米，属于季风亚热带气候。具四季分明，但春秋较短而冬夏较长的特点。河谷中以亚热带性有刺灌丛植被为主；谷坡上除少量块状云南松 (Pinus yunnanensis ) 林处，主要发育着以樟科、壳斗科、山茶科等为主听亚热带常绿阔叶林。海拔2000－3000米，属于季风暖温带气候。低处植物被以壳斗科常绿树种为主，并伴生以樟科、山茶科、山矾科等常绿阔叶树与多种桦 (Betula spp.)、槭 (Acer spp.)；水青树 (Tetracentron sinense)、连香树 (Cercidiphyllum japonicum)、领春木 (Euptelea pleiospermum) 等落叶阔叶树组成的常绿阔叶与落叶阔叶混交林十分发育。在海拔较高的谷坡上，主要分布着以铁杉 (Tsuga chinensis、T. domosa )、槭 (Acer spp.) 、桦 (Betula ssp.) 和有少量麦吊云杉 (Picea balacytila) 等组成的针叶、阔叶混交林。从植被组成看，季风亚热带向暖温带气候过渡性质明显。海拔3000米－3600米，属寒温带气候。低海拔处以铁杉 (Tsuga )、云杉 (Picea) 属种类较多；高海拔处，为冷杉 (Abies fabri) 和少量岷江冷杉 (A. faxoniana ) 组成的亚高山针叶林。海拔3600－4600米，属亚寒带气候，且在森林线上，寒冷、多风，乔木树种难以生长，为多种杜鹃 (Rhododendron spp.) 或绣线菊 (Spiraea spp.) 、茶藨子 (Ribes spp.) 、柳 (Salix spp.) 等组成的高山灌丛；或为苔草 (Carex spp.) 、嵩草 (Kobresia spp.)、羊茅 (Fastuca spp.) 、珠芽蓼 (Polygonum viviparum ) 、圆穗蓼 (P. sphaerostachyum) 等高山草类组成的高山草甸，海拔4600米以上至雪线，高寒多风，处于季节性融冻区，寒冻风化作用强烈，常形成一定面积的流石滩。在岩石碎屑中常生以雪莲花 (Saussurea medusa、S. lanicepa) 、紫堇 (Corydalis spp.)、扭连钱 (Phyllophyton comlanatum)、绵参 (Eriophyton wallichi
从整个东坡生物气候带来看，地形虽然陡峻，但茂密的森林植被，特别是阔叶林十分发育。这也是东坡暖、湿气候特征的反映。
西坡，在宏观地貌上已属青藏高原部分。本身地势高，整个西坡平均海拔约在3500米以上。