1939年初,中共中央南方局和八路军驻重庆办事处在重庆成立,周恩来任书记,董必武、叶剑英、秦邦宪、凯丰、吴克坚等为常委。因为国民党不允许中共党组织公开活动,所以南方局是秘密的,设在公开机关八路军驻重庆办事处内,最初在机房街70号。
1939年5月初,日机大轰炸,机房街70号被炸毁,董必武、博古等率领南方局和办事处大部分同志迁往红岩,散住在农场工人宿舍和堆放柴草杂物的几处茅草房里。是年秋天,由办事处同志自己设计并修建的办公住宿大楼峻工,南方局、八路军驻重庆办事处全部迁此办公。地方当局将这里的门牌号编为红岩嘴13号(1945年改为红岩村13号)。从此,红岩村这片红色的土地就成为革命的象征。
红岩村是中国共产党在国统区的指挥中心。当时周恩来等领导同志或以中共代表、或以国民参政会参政员的身份进行活动,与国民党当局谈判,进行统一战线工作。 抗日战争胜利后,毛泽东亲赴重庆,莅临红岩四十日。重庆谈判、上党战役,毛泽东坐镇红岩、运筹帷幄,决胜千里,为红岩的历史增添了最为光辉的一页。
1958年,以此楼为主体的红岩革命纪念馆建立并对外开放。1963年3月,国务院公布此楼为全国第一批重点文物保护单位。